Làn sóng bạo lực và tội phạm đột ngột tăng chóng mặt ở thành phố New York. Những manh mối mà April O'Neil (Judith Hoag lồng tiếng), phóng viên điều tra của kênh Eyewitness News, thu thập được cho thấy Foot Clan, một tổ chức xã hội đen của ninja, là nguồn cơn của tình trạng bạo lực tràn lan trong thành phố. Chúng không sợ bất cứ thứ gì, trừ các anh chàng ninja rùa. Dưới sự chỉ huy của Shredder, tổ chức ninja này đã trở thành một đế chế tội phạm có sức mạnh khủng khiếp. Trên thực tế, Shredder đang ráo riết thành lập một đội quân gồm toàn ninja tài giỏi nhưng biến chất ở độ tuổi thiếu niên, hòng biến New York thành vương quốc riêng của hắn.
